Im Gegensatz zur Therapie von neurotischen Patienten geht es in der Borderline-Therapie in erster Linie nicht um die Rekonstruktion des Kindheitsgeschehens und das Aufdecken von unbewußten Konflikten. Das Problem dieser Patienten besteht ja darin, daß sie nicht in der Lage sind, die Verdrängung als Abwehrmechanismus zu benutzen. Bei dem Borderline-Syndrom handelt es sich um eine Entwicklungspathologie, d.h. es besteht ein Mangel an gesunder und adäquater Entwicklung. Bei der Neurose handelt es sich im Gegensatz dazu um eine Konfliktpathologie.

Die Realitätsprüfung ist bei einer Neurose gut ausgebildet und nur im Bereich spezifischen neurotischen Konfliktes eingeschränkt. Dies steht im Gegensatz zum Borderline-Syndrom, bei dem durch den Einsatz der Spaltung als Abwehroperation die Realitätsprüfung eingeengt ist.
Aus diesen Gründen ist eine regressionsfördernde Therapie beim Borderline-Patienten kontraindiziert (aus bestimmten Gründen nicht anwendbar), da durch die Regression die Abwehr gemindert wird und die Gefahr besteht, daß die Realitätsprüfung verloren geht und eine Mini-Psychose auftritt. Die Mini-Psychose ist in der Regel auf die therapeutische Situation beschränkt und reversibel.
Noch katastrophaler können sich die Verleugnungstendenzen auswirken, mit denen die Borderline-Patienten die realen Konsequenzen ihres auto- und heterodestruktiven Agierens negieren.
Die Arbeit der Borderline-Therapie konzentriert sich auf die fortgesetzte Konfrontation der pathologischen Abwehrmechanismen, vorrangig der der Spaltung, Verleugnung und projektiven Identifizierung. Das heißt, der Patient wird mit seinen inneren Widersprüchen und Verleugnungen konfrontiert. Zum anderen bedarf es einer klar geregelten Struktur und Grenzsetzung. Der Therapeut muß als realer Mensch zur Verfügung stehen und sich auch als solcher zu erkennen geben. Das therapeutische Ziel besteht in der Verbindung der dissoziierten Ich-Segmente des Patienten zu einer stabilen, in sich geschlossenen Ich-Identität. Unter anderem muß er lernen, mit seinen archaischen Aggressionen sozial angemessen umzugehen und sie nicht auszuagieren, so daß er in der Lage ist, realistische und damit auch ambivalent erlebbare Beziehungen aufzubauen. Im Rahmen einer stationären Psychotherapie wird der Patient seinen Konflikt entäußern und ausagieren. Dies kann zum Auftreten von Spaltungsmechanismen im Behandlungsteam führen. Nur ein gutgeschultes Behandlungsteam, das mit diesen Spaltungsoperationen vertraut ist, ist in der Lage, diese Patienten zu behandeln. Wenn dies nicht der Fall ist, so agieren die Teammitglieder in der Regel den Borderline-Konflikt stellvertretend im Team aus. Dies führt zu einer erheblichen Labilisierung und Verschlechterung des Krankheitsbildes des Patienten. Die psychotherapeutische Behandlung der Borderline-Patienten setzt einen sehr erfahrenen Psychotherapeuten voraus, der in der Lage ist, die Gegenübertragungsgefühle zu reflektieren und sie nicht auszuagieren.
Zum anderen ist eine ständige Supervision notwendig.